故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。　　在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，　　小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!　　在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。

小学生木之本樱（丹下樱 配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸 配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子 配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫 配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫…

物理学家海因茨·施奈德遇害事件的重大嫌疑犯爱丽丝被黑道悬赏了巨额赏金。　　女性赏金猎人娜蒂在墨西哥遇到爱丽丝，但她不是来逮捕爱丽丝的，而是奉主雇的要求来保护爱丽丝的。　　爱丽丝要去南方的故乡，娜蒂决定陪伴爱丽丝一同前进，但是大路前方，是赏金猎人里卡多、神秘少年L.A的埋伏，而娜蒂的主雇茱迪小姐，也似乎有所隐瞒。学者道格拉…

故事产生在遥远的月球之上，彼时，那里已经酿成了适恼人类栖身的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告知遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵犯都和霸占，为此，他们踏上了寻觅能够匹敌邪动族的勇士的旅程。　　让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光亮魔动战士，通过…

高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开…

奈叶（田村由香里 配音）本是一名普通的小学三年级女生，却由于不测遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战役当中。在上一次事务结束以后，奈叶离别了与之结下深厚友情的菲特（水树奈奈 配音），重新回归了安静的日常生活，接管着魔力训练，以防备仇敌的下一轮猛烈袭击。　　某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上…

“闇之书事务”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的胡想实现而进入时空管理局，并以一流魔导师的身分活泼。　　在此傍边，出现了新发明的邃古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械火器“共识拓发者”（ガジェットドローン）。…

筱原绘里香（伊藤加奈惠 配音）表面看来清纯可爱，实际上却是个为了满足爆棚的虚荣心而不惜撒谎的“狼少女”。为了令好友相信自己有一个并不存在的超英俊级男友，绘里香竟然跑到大街上进行“盗摄”，而她所拍下照片中的男子佐田恭也（樱井孝宏 配音），其真实身份居然是绘里香的校友，事已至此，绘里香的好运气似乎所剩不多。　　为了不让自己的…

卯野咲（大桥彩香 配音）和御翔樱世（三泽纱千香 配音）组成了偶像团体“Magic Twin”，组合尚处于练习生的阶段，虽然两人每天都积极的展开着演艺活动，但人气始终都只能用平平来形容。樱世的哥哥桃拾（丰永利行 配音）也是出道偶像，隶属于人气爆棚的组合“STAR☆PRINCE”，咲一直深深的爱慕着桃拾，希望通过自己的努力能够有朝一日成为配得上…

这世上存在着一个选择将法令没法制裁的此世之恶作为恶性肿瘤“去除”，并将其安葬于黑黑暗的奥秘组织，其名为“黑色标签”。17岁的高中生·三神岚，作为组织的一员，面对庞大的罪恶自告奋勇。这个故事，是以高中生之身担任处刑人的少年，与选择和觉悟奋斗的记录。