2013年，由于修学观光而来到台湾的女高中生小椋汐，遭到了突然出现的怪兽“进化侵犯体”的袭击。在戎行完整没用的时候，谜之男子们出现在面前，他们是超国度机关“DOGOO”的署理人，继承了“巨人之魂”，并将这股气力用之战役的“E遗传子持有者”。终于，在友人面临危急之际，小椋汐身上的“巨人之魂”也觉醒了...