2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

20世纪90年代初，日本政府秘密进行了人体进化实验。他们通过不同的方式向两组实验儿童体内移入动物或昆虫的基因，以使他们获得超长的能力。与之相对，这些孩子必须面临成年后身体崩溃的厄运。二十年后，荏碕昴（冈田将生 饰）和沙耶（成海璃子 饰）、亘（白石隼也 饰）、隆二（濑户利树 饰）、良介（清水寻也 饰）等斯巴鲁小组成为政客渡濑（伊…