怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了仇敌的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此以后，大地着落不明，艾克斯奥特曼值得奉求SSP和红凯（石黑英雄 饰）寻觅大地。另一方面，时刻诡计将美丽的工具酿成宝石据为己有的邪恶外星女魔头穆鲁…