突然，遭到从时空门出现的仇敌袭击的宝太郎及其伙伴们。被迫陷入苦战当中，察觉到仇敌从未来传送过来…！为了守护现在与未来，宝太郎与凛音穿越时空前去荒废的未来。在那里的是往日从窘境中抢救宝太郎等人，把握着故事的环节，“20年后的宝太郎”，假面骑士歌查德黎明骑士的身姿。

寻觅101体〈Chemi〉！　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！　　101张卡片进行形状变换！？　　高中生?一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。　　围绕著野生生命体Chemi的战役起头！！