第三季开始于上一季的三个月后，为了自己儿子的回来，强纳森去到山洞里，暂时得到了超人的能力，最终使儿子回到身边。克拉克和拉娜的感情一样起起落落，而他又学会了新的技能，离成为真正的超人只有一步之遥了！在最后一集，出现了一个神秘的女孩，她拥有比克拉克强大白倍的能力，她是来接克拉克回自己星球的。看着父亲因为自己受伤，他终于跟着…

八年前，一场与超强武器炸弹的案件被隐藏真相，仅存活的人也被送入监狱。这个被囚禁的人是拥有好几个孩子的父亲，孩子们多少都对父亲的处境不理解，觉得父亲做了错事才导致现在让母亲一人抚养这群孩子。八年后，孩子们发现原来父亲拥有超能力，而他们也会不知不觉中产生某种超能力。在一次偶然中，他们发现了父亲真正被捕的原因，孩子们决定揭开…

他们是史上最强的超级部队，部队中的每个人都身怀特异功能，武功高强。但是，随着邪恶势力的入侵这只超强特种部队现在却面临着严重的内部危机。然而邪恶军队的将军又开始了毁灭地球的计划，面对内忧外患，究竟他们该如何应对危机呢……