在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，因而杰克将军便将其变身机能破坏。　　变身机能破坏的环境下，光太郎被扔往宇宙。在行将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦发生了转变，光太郎也是以酿成了新生的光之王子…

某小村中学，对考古具有浓厚兴趣的老师八部高史（竹中直人 饰）及其学生月岛令子（上野めぐみ 饰）在进行一项研究时双双失踪。一时间校内人心惶惶，各种流言猜测四起。行为怪张的考古学家稗田礼二郎（沢田研二 饰）应八部老师的邀请来到这所学校，他偶然救助了八部的儿子正雄（工藤正貴 饰）。正雄既担心父亲的安危，又惦念其所暗恋的女孩令子。…