在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，因而杰克将军便将其变身机能破坏。　　变身机能破坏的环境下，光太郎被扔往宇宙。在行将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦发生了转变，光太郎也是以酿成了新生的光之王子…